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生物信息方法筛选慢性牙周炎患者血浆差异表达基因及验证
陆青兰, 陈丽, 周广棋, 李萧纹, 梁好, 梁灵铃, 李晓捷
2026, 42(2):
141-147.
DOI: 10.13701/j.cnki.kqyxyj.2026.02.010
摘要
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目的: 借助生物信息学方法筛选慢性牙周炎患者血浆诊断标志物并探讨其可能的发病机制。方法: 在GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载慢性牙周炎患者血液表达谱数据,GEO2R分析获取差异表达基因,基因功能注释(gene ontology,GO)、京都基因和基因百科全书(Kyoto encyclopedia of gene and genome,KEGG)分析是否存在上调或下调通路。利用String数据库及Cytoscape软件寻找关键基因,纳入慢性牙周炎患者血浆28例、正常对照组31例,实时定量逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction,RT-PCR)检测关键基因表达水平,绘制受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic, ROC)评估关键基因对慢性牙周炎的诊断能力。结果: GO结果显示,差异表达基因主要聚集在线粒体能量代谢及氧化还原功能上;KEGG结果显示,差异表达基因主要富集在神经退行性疾病、代谢性疾病的病理过程。RT-PCR结果显示,在慢性牙周炎患者血浆中,线粒体编码细胞色素C氧化酶Ⅱ(mitochondrially encoded cytochrome C oxidase Ⅱ,MT-CO2)、线粒体编码细胞色素B(mitochondrially encoded cytochrome B,MT-CYB)基因表达上调,曲线下面积(area under the curve, AUC)分别为0.682、0.702,两者联合诊断AUC值为0.763。结论: 慢性牙周炎与线粒体功能障碍密切相关;血浆MT-CO2、MT-CYB基因对慢性牙周炎有一定诊断能力,有潜力成为诊断标志物。
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